Burgkirchen a.d. Alz wurde im Jahr 790 erstmals urkundlich erwähnt. Das Ende der Herrschaft der Agilolfinger und des selbständigen Herzogtums Bayern (788) veranlasste Bischof Arno von Salzburg, wegen der damals unsicheren Rechtslage ein Güterverzeichnis über die Besitzungen des Bistums Salzburg erstellen zu lassen. Im „Indiculus Arnonis”, wie dieses Verzeichnis genannt wird, ist auch „Pohkirch” enthalten. Nicht eine Burg, sondern die Kirchen bei den Buchen ist der Ursprung des heutigen Namens.
Diese geschichtlich kurze Zeitspanne darf jedoch nicht darüber hinwegtäuschen, dass Burgkirchen a.d. Alz in einem Raum uralter Besiedelungs-geschichte liegt, die über 6000 Jahre in die Vergangenheit zurückreicht. Archäologische Grabungen belegen eine Besiedelung zur Zeit der „Münchshöfener Kultur”, die heute in die Zeit ab ca. 4500 bis 4000 v. Chr. datiert wird, über die Bronze-Hallstatt- und Latènezeit, bis hin zur Römer- und Merowingerzeit.
Umfangreiche Grabungen in den Jahren 1984/85 auf dem Magarethenberg dokumentieren die Besiedelung dieses Platzes von der Steinzeit bis zum Mittelalter. Grabungen bei Höresham (1988/89) brachten eine römische "Villa Rustica" mit einem gut erhaltenen Heizungssystem zutage. Vieles wird im Dunkel der Geschichte verborgen bleiben und die Jahrhunderte brachten nur wenige Veränderungen. Im Ortsteil Hirten besteht der sogenannte „Hürdensteg” über die Alz, 1508 erstmals urkundlich erwähnt. 1835 wird die Alzfähre bei Niederau durch eine hölzerne Stelzenbrücke ersetzt und während der Ära Napoleons I. wird Burgkirchen a.d Alz 1808 selbständige Gemeinde. Mit dem Bau der Eisenbahn und einer Poststation beginnt in der rein ländlich strukturierten Gemeinde allmählich die Neuzeit. Reges Leben bringen ab 1912 die „Korrektion” der Alz und 1916 bis 1922 der Bau des Alzkanales.
Der Name Alz leitet sich ab aus dem keltischen Wort „Alt”, was so viel wie „Fluss, der zwischen hohen Ufern fließt” bedeutet.
